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叶小天世袭罔替，却非王侯；他出身世家，却非高门。作为六扇门中的一个牢头儿，他本想老老实实把祖上传下来的这只铁饭碗一代代传承下去，却不想被一个神棍忽悠出了那一方小天地，这一去，便是一个太岁横空出世。

明末，人们迷信修仙炼丹拒绝求医，中医式微。少年医者李子明机缘巧合之下从一本破旧的《本草纲目》中召唤出药灵——冬葵仙子。她恳请世间唯一能和曾经的李时珍一样与药灵对话的李子明帮助药灵们收集因事故四散的《本草纲目》残页，拯救草药精灵们的世界，同时将《本草纲目》中记载的资料流传下来，将中医发扬光大。李子明医者仁心，不忍拒绝，从此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不断成长，收集残页的同时也与药灵们结下深厚羁绊。

怪兽横行的末日，人人自危，我却拥有一个可以捕捉怪物的系统！ 妖魅的蜘蛛女、体积堪比城市的巨兽，还有传说中的黑白无常，都是我的宠物！!

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。