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公元前265年，司马昭病逝，其子司马炎继位。取代曹奂，把国号改为晋，是为晋武帝。晋武帝率领军队灭东吴，东吴最后一位君王孙皓被迫投降。至此三国鼎立局面彻底结束，西晋，这个长达短暂统治51年，混论纷争的年代，就这样，拉开了序幕

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。

女主阳萝目睹母亲被吸入一本天书，为了寻回母亲，阳萝开始四处收集天书，并在“藏书阁”昴和男主人公习语的陪伴下，克服了种种困难。随着收集的天书越多，阳萝发现母亲竟然是天书里面的人物，并与身为人类的父亲产生了爱的结晶，生下了自己。阳萝有一半天书血统的事瞬间引起了很多藏书阁的注意，并对阳萝采取了回收行动。于是阳萝一边应对这些藏书阁，一边加快速度收集天书。