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何雨是一位普通的女生。在她居住的和善市，自古以来有着十二生肖的守护，他们拥有人类的外表和各自不同的特殊能力，每年会有一位生肖在城市中帮助并守护着人们，然而人们对此并无察觉。在何雨的本命年（猴年），她和十二生肖的猴子申君在一次偶遇中不小心将恶灵的封印解开。恶灵将其他沉睡的十二生肖一并带走，控制了他们的心智，使他们与人类为敌。申君和何雨一起协力作战，阻止十二生肖对城市的破坏……

天授二年腊月，武则天诏令百花连夜开放。牡丹仙面临选择——开，就是顺从；不开，就是死。桃花劝她低头——不过百年，女皇就死了。牡丹仙说——我的选择是不开。 她开始讲述自己的故事。 上古时期，女娲造人，她是群体本性的象征。诸神祝福人类时，寿星公种下牡丹种子，牡丹仙诞生，代表对未来的希望。苍天诞生，代表个体本性，与女娲展开战争。女娲补天，道陨化入万灵，群体本性成为万灵内心的声音。 伏羲被困天庭，神农氏退位，帝俊蛊惑万灵为妖，人妖大战爆发。炎帝的安抚政策被苍天阴谋破坏，被迫转为镇压，万灵投靠妖族，百年血战。炎帝内疚殉道。蚩尤拒绝妖族帮助，独自战斗，被擒囚禁。 五帝时代，禅让制是群体本性的最后堡垒。夏启被苍天蛊惑，武力夺位，废除禅让制，开启家天下。“天下为公”变成“天下为家”，个体本性胜利。此后四千年，王朝循环，苍天诅咒。 东汉末年，张角觉醒，高呼“苍天已死，黄天当立”，黄巾起义失败，但火种不灭。 牡丹仙在历史中经历了六世。第一世寿星紫，祝福未来，死于人妖大战。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化为姚黄、魏紫、荷包牡丹，祝福爱情，千年后困惑而死。第四世洛阳红，祝福反抗，在风雪中燃烧自己，鲜血化入泥土。 1949年，新中国成立。群体本性最终战胜个体本性，“天下为公”回归人间。 春天，邙山，六色牡丹同时绽放。牡丹仙站在花海中微笑。无数身影浮现——炎帝、蚩尤、张角、无数先烈。毛主席站在花海中，轻触一朵洛阳红。 待到山花烂漫时，他在丛中笑。

明末，人们迷信修仙炼丹拒绝求医，中医式微。少年医者李子明机缘巧合之下从一本破旧的《本草纲目》中召唤出药灵——冬葵仙子。她恳请世间唯一能和曾经的李时珍一样与药灵对话的李子明帮助药灵们收集因事故四散的《本草纲目》残页，拯救草药精灵们的世界，同时将《本草纲目》中记载的资料流传下来，将中医发扬光大。李子明医者仁心，不忍拒绝，从此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不断成长，收集残页的同时也与药灵们结下深厚羁绊。