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末日降临，万物变异，人类从食物链的顶端坠落，成为苟延残喘的蝼蚁。 掠夺与杀戮， 充斥着每一个角落。这里是普通人的地狱，却是进化者的天堂。 开局获得虫皇寄生，获得进化之力， 我将成为这片废墟大陆的主宰！

主角为查明烈凌市的状况，前来烈凌市烈日学院读大学，不料遭遇各种不速之客来袭，为守护烈日学院的安宁，与伙伴们殊死搏斗，想要变得更强的主角甚至拜师习武，通过艰难的磨练，最终达到武术的巅峰。

天授二年腊月，武则天诏令百花连夜开放。牡丹仙面临选择——开，就是顺从；不开，就是死。桃花劝她低头——不过百年，女皇就死了。牡丹仙说——我的选择是不开。 她开始讲述自己的故事。 上古时期，女娲造人，她是群体本性的象征。诸神祝福人类时，寿星公种下牡丹种子，牡丹仙诞生，代表对未来的希望。苍天诞生，代表个体本性，与女娲展开战争。女娲补天，道陨化入万灵，群体本性成为万灵内心的声音。 伏羲被困天庭，神农氏退位，帝俊蛊惑万灵为妖，人妖大战爆发。炎帝的安抚政策被苍天阴谋破坏，被迫转为镇压，万灵投靠妖族，百年血战。炎帝内疚殉道。蚩尤拒绝妖族帮助，独自战斗，被擒囚禁。 五帝时代，禅让制是群体本性的最后堡垒。夏启被苍天蛊惑，武力夺位，废除禅让制，开启家天下。“天下为公”变成“天下为家”，个体本性胜利。此后四千年，王朝循环，苍天诅咒。 东汉末年，张角觉醒，高呼“苍天已死，黄天当立”，黄巾起义失败，但火种不灭。 牡丹仙在历史中经历了六世。第一世寿星紫，祝福未来，死于人妖大战。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化为姚黄、魏紫、荷包牡丹，祝福爱情，千年后困惑而死。第四世洛阳红，祝福反抗，在风雪中燃烧自己，鲜血化入泥土。 1949年，新中国成立。群体本性最终战胜个体本性，“天下为公”回归人间。 春天，邙山，六色牡丹同时绽放。牡丹仙站在花海中微笑。无数身影浮现——炎帝、蚩尤、张角、无数先烈。毛主席站在花海中，轻触一朵洛阳红。 待到山花烂漫时，他在丛中笑。

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。